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华中农大康春颖组发表高质量森林草莓基因组注释

2019-05-07 13:53:53来源:植物科学最前沿作者:植物科学最前沿编辑:xwbj3
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  草莓是多年生草本植物,蔷薇科草莓属。草莓因芳香多汁、营养丰富受到人们的喜爱,在全国各地均可种植。统计数据表明中国的草莓总产量在世界上排名首位。栽培草莓均为凤梨草莓,而野生型二倍体森林草莓是栽培草莓和蔷薇科植物的模式材料。2011年Nature Genetics杂志发表了利用二代测序数据组装的森林草莓v1.0版本基因组,极大了促进了草莓和其它蔷薇科植物的基因组学、分子生物学以及遗传学研究。2018年,利用三代测序技术和光学图谱对森林草莓基因组进行提升,获得了升级的V4版本的基因组,基因组注释版本为v4.0.a1。然而,由于基因组注释时使用的转录组数据较少,会出现基因组的注释准确度低,基因数量少等问题。

  近日,Horticulture Research在线发表了园艺植物生物学教育部重点实验室康春颖教授课题组的研究论文。该研究利用课题组前期开发的基因组注释流程,结合Illumina和PacBio转录组测序技术的优势,对森林草莓的基因组进行重注释,进一步提升了森林草莓基因组注释的完整度和准确度,获得森林草莓基因组注释新版本(v4.0.a2)。

  新的基因组注释(v4.0.a2)总共包含34007个蛋白编码基因,BUSCOs评估基因组完整度达到98.1%。与(v4.0.a1)注释相比较,v4.0.a2注释新增了9029个新基因,对8342个基因的结构进行了提升,还为10176个基因添加了转录本信息。同时,该研究还提供了注释基因在草莓不同组织和时期的表达谱数据。综上,该研究利用Illumina 和PacBio测序技术对森林草莓基因组进行重注释,获得了高质量的基因组注释,为草莓的遗传改良以及蔷薇科植物的比较基因组学研究提供了重要的资源。

  该研究的第一作者为博士研究生李永平。华中农业大学的康春颖教授为通讯作者;此外,研究生皮梦婷,高绮和马里兰大学的刘重持教授参与该研究。相关工作得到了国家自然科学基金的支持。

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